Como respuesta a las necesidades de formar profesionales en el área de las Finanzas y la Economía mediante resolución del Honorable Consejo Universitario de 30 de abril de 1941 se funda la primera Escuela Superior de Comercio con la finalidad de preparar Peritos Mercantiles, Contadores y Licenciados en Ciencias Económicas. Durante el año 1947 fue elevada a rango de Facultad producto de las exigencias del entorno y como respuesta al encargo social de esa época.

A partir de entonces esta unidad académica tuvo distintas denominaciones como Facultad de Ciencias Económicas, Financieras y Administrativas con tres carreras: Auditoría, Economía y Administración de Empresas, las mismas que funcionaron en forma independiente hasta el año 1996, en el que la carrera de Auditoría fue elevada a rango de Facultad para posteriormente, mediante Resolución Rectoral Nº 003/98 de 29 de enero de 1998, ratificada mediante Resolución del Honorable Consejo Universitario No. 025/2001 en base a recomendación de la reunión sectorial efectuada el año 1997 en la ciudad de Santa Cruz de la Sierra, se cambió la denominación a Facultad de Contaduría Pública con el consiguiente cambio de nombre en el Diploma Académico de Licenciado en Auditoría por el de Licenciado en Contaduría Pública y el de Provisión Nacional de Auditor Financiero por el de Contador Público Autorizado - CPA -; lo que determinó la aprobación de un nuevo plan de estudios que responda al perfil profesional del futuro CPA, buscando una formación integral del mismo.
Posteriormente, mediante Resolución N° 077/2002 del Honorable Consejo Universitario de 28 de noviembre del año 2002 se crea la Carrera de Administración Financiera, permitiendo a la Facultad de Contaduría Pública ofertar dos carreras: de Contaduría Pública y Administración Financiera como respuesta al encargo social del mundo globalizado de la Contabilidad y las Finanzas.